En 2015, un equipo del Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH) realizó un rescate arqueológico durante las obras de remozamiento del Centro del Pueblo Mágico de Maní. Frente al Palacio Municipal, en cinco zanjas destinadas a la introducción de cableado eléctrico, red hidráulica y arbolado, se recuperaron 548 fragmentos cerámicos.
El arqueólogo Tomás Gallareta Negrón señaló que casi el 97 por ciento de este material corresponde a vasijas e incensarios, en su mayoría con representaciones antropomorfas. Una cantidad considerable de los restos tenía huellas de exposición al fuego, lo que, sumado a la densidad de los tiestos cerámicos visibles en los perfiles de la excavación, sugiere que estos fragmentos pertenecían a ídolos, imágenes de culto, objetos sagrados y códices destruidos durante el auto de fe de Maní.
El auto de fe de Maní, ocurrido el 12 de julio de 1562, representa la mayor destrucción cultural del pueblo maya. John F. Chuchiak IV, profesor de la Universidad del Estado de Missouri, explicó que la causa central de este evento fue la disputa entre las autoridades seculares y la orden franciscana sobre la persecución de la religión tradicional maya. Aunque no fue el último auto de fe en la Península de Yucatán, sí fue el más impactante.
Durante este evento, fray Diego de Landa y otros franciscanos asumieron poderes inquisitoriales para castigar a los mayas por reverenciar a sus dioses, acto que la Iglesia consideraba idolatría. Maní, una de las poblaciones más grandes y económicamente pujantes de la Península, nunca se recuperó del impacto de esta demostración.
Landa instruyó la destrucción y quema de más de 5,000 ídolos y 27 códices mayas, además de investigar a 6,300 mayas y procesar formalmente a 4,549. En la procesión del auto de fe fueron exhibidos 350 nobles y caciques indígenas, 64 personas fallecidas fueron quemadas en efigie, 84 personas usaron sambenitos como símbolo de vergüenza, 95 fueron desnudadas de la cintura a la cabeza y portaron una vela verde como penitencia, y 114 cajas con restos óseos de indígenas cristianos fueron echadas a la hoguera.
El proceso del auto de fe de Maní está ampliamente documentado, revelando detalles sobre las dimensiones de los tablados, el número de intérpretes y de indígenas procesados, así como la procesión alrededor del convento y la realización de la quema, lo que coincide con los hallazgos arqueológicos recientes.